Cercetarea stiintifica reprezinta o componenta de baza a misiunii asumate de Universitatea Ecologica din Bucuresti care se defineste ca institutie de invatamant superior de educatie si de cercetare stiintifica.
La nivelul universitatii, activitatea de cercetare stiintifica este coordonata de Comisia pentru Cercetare Stiintifica si Relatii Academice, din componenta Senatului Universitatii, prin Subcomisia de Cercetare Stiintifica, iar unul dintre Prorectori are atributii privind cercetarea stiintifica.
Activitatea de cercetare stiintifica si se desfasoara in baza unui Regulament propriu, iar fiecare structura, colectiv, centru de cercetare are propriul Regulament de organizare si functionare.
Comisia senatului, in baza politicii universitatii, stabileste obiectivele strategice ale activitatii, modalitatile de desfasurare a cercetarii stiintifice in cadrul universitatii si propune finantarea activitatii de cercetare. In baza strategiei privind cercetarea, facultatile isi elaboreaza propriile planuri strategice de cercetare multianuale si pe fiecare an universitar, care sunt coordonate si urmarite de catre decani. De asemenea, comisia senatului elaboreaza, pe baza propunerilor facultatilor, Planul anual al activitatilor de cercetare stiintifica.
UEB este inscrisa in Registrul Potentialilor Contractori RPC-2 din ianuarie 2008.
Infrastructura de cercetare a Universitatii Ecologice din Bucuresti cuprinde 4 centre de cercetare, 14 laboratoare de cercetare si alte structuri, astfel:

• Centru de cercetare transdisciplinara privind tranzitia Ecoclimatica si Digitala si de formare a Specialistilor de Mediu
• Centrul Aarhus Romania
• Centrul de Digitalizare, Educatie, Diversitate Culturala (DEC)
• Centrul de cercetari ergofiziologice si performanta in sport
• 14 laboratoare de cercetare
• Centrul de dezvoltare institutionala si expertiza.